高通量染色質(zhì)捕獲技術(shù)-Hi-C
定義：
Hi-C（High-throughput chromosome conformation capture, 高通量染色體構(gòu)象捕獲）是一種可用于研究基因組三維結(jié)構(gòu)的創(chuàng)新技術(shù)。通過對細(xì)胞核內(nèi)有染色質(zhì)互作信息的片段進(jìn)行高通量測序和分析，獲得全基因組范圍內(nèi)的空間相互信息，可用于發(fā)現(xiàn)三維空間中的遠(yuǎn)程調(diào)控元件，揭示空間結(jié)構(gòu)調(diào)控基因功能發(fā)揮的機(jī)制。
測序參數(shù)：BGI/illumina PE150 100-300x測序深度
生信分析：
1. 互作矩陣
2. 分辨率評估
3. 距離與互作強(qiáng)度關(guān)系分析
4. Compartment結(jié)構(gòu)分析
5. TAD結(jié)構(gòu)分析
6. 顯著互作位點(diǎn)分析（Loops）
7. FIRE(Frequently Interacting Regions)檢測
8. 以上條目的樣本間互作差異分析
9. 與RNA-seq、ATAC、Chip-seq等多組學(xué)聯(lián)合分析
應(yīng)用場景
樣本準(zhǔn)備
18162769638
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