原文題目： Comparative analysis of long noncoding RNAs in angiosperms and characterization of long noncoding RNAs in response to heat stress in Chinese cabbage
雜志信息：Horticulture Research，2021（IF：6.7）
樣品選擇：不同熱處理階段的大白菜
測(cè)序策略：lncRNA測(cè)序+mRNA測(cè)序
重要意義：通過(guò)鑒定參與大白菜高溫脅迫相關(guān)的lncRNA及其靶基因，為全面理解白菜耐熱機(jī)理，特別是lncRNA介導(dǎo)的基因調(diào)節(jié)機(jī)理提供了理論基礎(chǔ)
主要內(nèi)容和結(jié)論：
· 該研究以大白菜基因組測(cè)序材料‘Chiifu-401-42’為試材，對(duì)不同熱處理階段的大白菜進(jìn)行l(wèi)ncRNA測(cè)序，共鑒定得到了1229個(gè)響應(yīng)熱脅迫的lncRNA
· 隨著熱處理時(shí)間的延長(zhǎng)，響應(yīng)熱脅迫的lncRNA數(shù)目逐漸增加，且在各個(gè)處理階段上調(diào)表達(dá)的lncRNA數(shù)目均多于下調(diào)表達(dá)的lncRNA
· 對(duì)這些熱響應(yīng)的lncRNA進(jìn)行全基因組靶基因預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)，445個(gè)lncRNA可通過(guò)反式作用調(diào)節(jié)1544個(gè)基因的表達(dá)，1027個(gè)lncRNA可順式調(diào)節(jié)2651個(gè)基因
· 這些靶基因在“內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白加工”和“植物激素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)”途徑中顯著豐富。其中，29和22個(gè)lncRNA分別參與調(diào)控?zé)犴憫?yīng)蛋白HSP和ABA受體PYL基因的表達(dá)
大白菜 LncRNA及其反式調(diào)控mRNA之間的相互作用
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